明代李时珍编《本草纲目》一书，分类方法始有重大的发展。他采用了根据以前本草的分类方法略加修改，把药物分为水、火、土、石、草、谷、菜、果、木、器、虫、鳞、介、禽、兽、人等十六部外，又把各部的药物按照其生态及性质分为六十类。
按照汉字首字母分布：
共有11243项
- Bái Yánɡ Shù Gēn Pí 白杨树根皮
- 狭叶荨麻
- Jī Sù 鸡嗉
- Liù Qǔ 六曲
- Xìnɡ Zhī 杏枝
- Xì Yè Gǎo Běn 细叶藁本
- Yóu 莸
- Máo Zhóu Yá Jué 毛轴牙蕨
- Huánɡ Lián Huā 黄莲花
- Cì Huái 刺槐
- Sān Yè Lián 三叶莲
- Xiānɡ Yè Shù 香叶树
- Dà Shēn Jīn 大伸筋
- Nán Guā Zǐ 南瓜子
- Fěn Yè Dì Jǐn 粉叶地锦
- Dùn Yè Méi 盾叶莓
- Pū Dì Shǔ Gēn 铺地黍根
- Huánɡ Huā Rěn Dōnɡ 黄花忍冬
- 宁油麻藤
- Hú Yánɡ 胡杨
- Tí Hú 醍醐
- Má Liǔ Guǒ 麻柳果
- Guān Gōnɡ Xū 关公须
- Huǒ Shénɡ Shù 火绳树
- Máo Xiānɡ 茅香
- Zǐ Xuě Huā 紫雪花
- Jīn Wā ěr Gēn 金挖耳根
- Bān Jiū Jú 斑鸠菊
- Xǐ Shù Yè 喜树叶
- 鳞花草
- Jiànɡ Lí Mù Zǐ 绛梨木子
- Suì Lán Huā Gēn 碎兰花根
- Juǎn Dān 卷丹
- 滇瓦花
- Yún Nán Jīn Lián Huā 云南金莲花
- Huá Qīnɡ Xiānɡ Ténɡ 华清香藤
- Bái Máo Wěi Línɡ Cài 白毛委陵菜
- Yě Mǎ Ròu 野马肉
- Yín Biǎn Dɑn 银扁担
- Tiān Wén Cǎo 天文草
- Dù Jīnɡ Shān 杜茎山
- Fēnɡ Huā Cǎo 丰花草
- Dà Rén Xuè Qī 大人血七
- Xuě Xià Hóng 雪下红
- Máo Yě Dīnɡ Xiānɡ Yè 毛野丁香叶
- 地梅子
- Cì Bāo Nán Shé Ténɡ 刺苞南蛇藤
- Bā Jiǎo Lián Yè 八角莲叶
- Cì Yè Sǒnɡ Mù 刺叶楤木
- Jiē Gǔ Xiān Táo 接骨仙桃
- Kuò Yè Shuǐ Zhú Yè 阔叶水竹叶
- Shān Gǎnɡ Rěn 山岗稔
- Zhǎn Lónɡ Cǎo 斩龙草
- Wǔ Sè Méi 五色梅
- Shǐ Jūn Zǐ 使君子
- Hú Lu Bā 葫芦巴
- àn Zǐ Bèi Mǔ 暗紫贝母
- Tánɡ Lí 棠梨
- Shuǐ Lónɡ Gǔ 水龙骨
- Chā Qí Fán Lǚ 叉歧繁缕
- Táo Jiāo 桃胶
- Mǎ Jí 马棘
- Huǒ Yóu Cǎo 火油草
- Sì Lénɡ Jīn Gǔ Cǎo 四棱筋骨草
- Bái Huā Jiān Jiá Shù 白花坚荚树
- Huó Bǎ Huā 火把花
- 龙鳞草
- 短叶锦鸡儿
- 戟形石韦
- 山乌珠
- 钮子药
- Shí Chuàn Lián 石串莲
- Shí Yú Lín 鲥鱼鳞
- Xiǎo Huā Bā Jiǎo Fēnɡ 小花八角枫
- Liè Guǒ Wèi Máo 裂果卫矛
- Shān Hé Chuàn 山禾串
- Mù Xiā Gōnɡ 木虾公
- Shuǐ Hú Lu Gēn 水葫芦根
- Què Méi Ténɡ Yè 雀梅藤叶
- Pào Zhànɡ Huā 炮仗花
- Bān Zhú Huā 斑竹花
- Shuǐ Xiàn Cǎo 水线草
- Biǎn Lěi 扁蕾
- Là Jiāo Yè 辣椒叶
- Fǔ Mò 腐沫
- Gěnɡ Tōnɡ Cǎo 梗通草
- Duō Suì Shí Kē 多穗石柯
- Huánɡ Bò 黄柏
- Bò He Nǎo 薄荷脑
- Zhū Shā Cǎo 朱砂草
- Xī Yánɡ Shēn 西洋参
- Wāi Tóu Cài 歪头菜
- Duō Suì Shí Kē Jīnɡ 多穗石柯茎
- Qiáo Mù Zǐ Zhū 乔木紫珠
- Má Pí 麻皮
- Chónɡ Yǐ Cài 虫蚁菜
- Kǔ Liàn Jì Shēnɡ 苦楝寄生
- Lù Jiǎo Cǎo 鹿角草
- Wú Jīnɡ 芜菁