明代李时珍编《本草纲目》一书，分类方法始有重大的发展。他采用了根据以前本草的分类方法略加修改，把药物分为水、火、土、石、草、谷、菜、果、木、器、虫、鳞、介、禽、兽、人等十六部外，又把各部的药物按照其生态及性质分为六十类。
按照汉字首字母分布：
共有11243项
- ǎi Jiǎo Kǔ Hāo 矮脚苦蒿
- Zhōnɡ Huá Duǎn Chánɡ Jué 中华短肠蕨
- Huá Dōnɡ Liú Zú Jué 华东瘤足蕨
- Chōnɡ Wèi Zǐ 茺蔚子
- Méi Gui Qié 玫瑰茄
- Lú Zǐ Ténɡ 芦子藤
- Cánɡ Sān Qī 藏三七
- Dà Qiān Shēnɡ 大千生
- Bá Qiā 菝葜
- 大山豆
- Dīnɡ Xiānɡ Gēn 丁香根
- Zǐ Mèi Shù 姊妹树
- Chì Má 赤麻
- Sān Yè Yá Pá Ténɡ 三叶崖爬藤
- Liǎnɡ Sè Lín Máo Jué 两色鳞毛蕨
- Fēnɡ Là 蜂蜡
- Xuè Mǎn Cǎo 血满草
- Mài Fū Cǎo Gēn 麦麸草根
- Wū Lǎn 乌榄
- Dǎo Chì Sǎn 倒赤伞
- Bái Guǒ Gēn 白果根
- Hónɡ Xiǎo Má 红小麻
- Jì Yú 鲫鱼
- Yōu Ruò Lí 优若藜
- Báo Xuě Cǎo 薄雪草
- Chā Qí Fán Lǚ 叉歧繁缕
- Xiǎo Yú Yǎn Cǎo 小鱼眼草
- Lú Gān Guǒ 炉甘果
- Jī Gǔ Chánɡ Shān 鸡骨常山
- Sè Cǎo 涩草
- Zhì Wěi 雉尾
- Shuǐ Zào Jiǎo 水皂角
- 碱地马蔺
- Ménɡ Chónɡ 虻虫
- Yán Jiāo 岩椒
- Yě Wú Tónɡ 野梧桐
- Luó Xuán Zǎo 螺旋藻
- Yā Xuè 鸭血
- Yú Gǒu 鱼狗
- Jīn Yín Rěn Dōnɡ 金银忍冬
- Mù Biē Zǐ 木鳖子
- Huá Dōnɡ Pínɡ Jué 华东瓶蕨
- Máo Shǔ 毛薯
- Xiǎo Jué Qí 小蕨萁
- Là Liǎo Cǎo 辣蓼草
- Mù Hé 木荷
- Yuè Jì Huā 月季花
- Huánɡ Jué Shù Gēn Gē Dɑ 黄桷树根疙瘩
- Hēi Gǎo Běn 黑藁本
- è Xī Tiān Hú Suī 鄂西天胡荽
- Huā Yè ǎi Tuó Tuó 花叶矮陀陀
- óu Fěn 藕粉
- Xiǎo Huánɡ Shù 小黄树
- Yán Shé 盐蛇
- Wǔ Qì Zhāo Yánɡ Cǎo 五气朝阳草
- Gān Jī Cǎo 疳积草
- Lì Zhī Hé 荔枝核
- Jiē Gǔ Mù Gēn 接骨木根
- Yánɡ Jiǎo Ténɡ 羊角藤
- Dīnɡ Xiānɡ Zhī 丁香枝
- Shuǐ Qié Dōnɡ Guǒ 水茄冬果
- 粉霜
- Mí Hóu Táo Gēn 猕猴桃根
- Yún Tái Zǐ 芸苔子
- Yín Bái Yánɡ Yè 银白杨叶
- Bái Fěn Dié 白粉蝶
- Yì Wén Qián 一文钱
- Huǒ Tóu Gēn 火头根
- Huà Xiānɡ Shù 化香树
- Hónɡ Yè Mù Jiānɡ Zǐ Gēn 红叶木姜子根
- Jiāo Lián Jiǎ Liú Jué 交连假瘤蕨
- 云南地黄连
- Hú Guǎnɡ Cǎo 湖广草
- Shé Zī 蛇鲻
- Fó Jiǎ Cǎo 佛甲草
- Jiānɡ Sān Qī 姜三七
- Pó Pó Zhī Jiɑ Cài 婆婆指甲菜
- 大树三台
- Xiānɡ Shí Ténɡ 香石藤
- Pénɡ Lái Gě 蓬莱葛
- Tǎ Gǔ 獭骨
- 白刺
- Bā Máo Gēn 巴茅根
- Jīn Xiàn Yú 金线鱼
- Gǒu Shèn 狗肾
- Mǎ Tí Yè 马蹄叶
- Ní Tàn Xiǎn 泥炭藓
- Tán Huā 昙花
- Bái Bèi Yè 白背叶
- Dà Má Yào 大麻药
- Xiǎo Jīn Méi Cǎo 小金梅草
- Dǔ Lā 堵喇
- Zōnɡ Lǘ Pí 棕榈皮
- Yě Yīnɡ Sù 野罂粟
- Dù Zhònɡ Yè 杜仲叶
- Hǎi Luó Ké 海螺壳
- Yí Yú Mù 鮧鱼目
- ā Wèi 阿魏
- Tiān Wánɡ Qí Yè 天王七叶