明代李时珍编《本草纲目》一书，分类方法始有重大的发展。他采用了根据以前本草的分类方法略加修改，把药物分为水、火、土、石、草、谷、菜、果、木、器、虫、鳞、介、禽、兽、人等十六部外，又把各部的药物按照其生态及性质分为六十类。
按照汉字首字母分布：
共有11243项
- Sōnɡ Shù Pí 松树皮
- 地枫皮
- Lán Huā Cōnɡ 蓝花葱
- Bái Shā Hāo 白沙蒿
- Shǔ Lànɡ 薯莨
- Wū Fàn Zǐ 乌饭子
- Lái Fú Yè 莱菔叶
- Xìnɡ Zi 杏子
- 刺五加
- Dà Bāo Yè Qiān Jīn Bá 大苞叶千斤拔
- Hǔ Ròu 虎肉
- Hǎi Yuè Ké 海月壳
- Dà Yè Dì ěr Gēn 大叶地耳根
- Bīnɡ Qiú Zǐ 冰球子
- Shí Chuàn Lián 石串莲
- Yě Yù 野芋
- Hǎi Guī Jiāo 海龟胶
- Kāi Kǒu Jiàn 开口箭
- Huā Shēnɡ Ké 花生壳
- Gān Jī Cǎo 疳积草
- Má Yú Gǔ 麻鱼骨
- Láo Shǔ Lè 老鼠竻
- Dà Yè Lí 大叶藜
- Shēnɡ Dēnɡ 升登
- é Pínɡ Cǎo 峨屏草
- Lèi Wú Tónɡ 类梧桐
- Zǐ Zhī 紫芝
- Huá Zhōnɡ Liú Zú Jué 华中瘤足蕨
- Wènɡ Cài Huánɡ 瓮菜癀
- Xuě Wū 雪乌
- Yǔ Bái Fù 禹白附
- Fú Fānɡ Ténɡ 扶芳藤
- Bái Chánɡ Shān 白常山
- Hēi Pí Diē Dǎ 黑皮跌打
- Yù Zān Gēn 玉簪根
- Zǐ Jīn Shā 紫金砂
- Yán Fū Mù Huā 盐麸木花
- Lè Guǎn Cǎo 勒管草
- Niú ěr Yán Bái Cài 牛耳岩白菜
- Lónɡ Kuí 龙葵
- Hēi Tóu Cǎo 黑头草
- Lǐ Yú 鲤鱼
- Qī Sāi Mán 七鳃鳗
- Hēi Dà Dòu Pí 黑大豆皮
- Xiàn Yè Zǎo Zhuì Gēn 线叶蚤缀根
- Lán Huā Gēn 兰花根
- Yì Zhì Rén 益智仁
- Shuǐ Lán Yè 水兰叶
- Dòu Bāo Jūn 豆包菌
- Dà Bái Yào 大白药
- Shān Má 山麻
- Bá Qiā 菝葜
- Guì Huā Diē Dǎ 桂花跌打
- Cì Shān Chá Guǒ 刺山茶果
- Dà Huā Jiǎn Qiū Luó 大花剪秋罗
- Wànɡ Jiānɡ Nán Zǐ 望江南子
- Lú Shān Lóu Tī Cǎo 庐山楼梯草
- Liǎo Zǐ Cǎo 蓼子草
- Jī Shù Tiáo Guǒ 鸡树条果
- Shēnɡ Sè Cǎo 声色草
- Tiě Xiàn Tòu Gǔ Cǎo 铁线透骨草
- Yān Zhi Mù 胭脂木
- Bái Liǔ 白柳
- Zhū Shā 朱砂
- Tónɡ Luó Sǎn 铜罗伞
- Róu Ruǎn Shí Wéi 柔软石韦
- 红叶藤
- Hóu Zǎo 猴枣
- Wū Lǎn Yè 乌榄叶
- Mù Là Shù Gēn 木蜡树根
- Shān Dài Huánɡ 山大黄
- Lí Luó Gēn 黎罗根
- Bái Shù 白术
- Māo ér Yǎn Jinɡ 猫儿眼睛
- Mì Mài é Zhǎnɡ Chái 密脉鹅掌柴
- Sī Guā Huā 丝瓜花
- Dà Huà Méi Cǎo 大画眉草
- Mǎ Tí Cǎo 马蹄草
- Tǔ Yàn Wō 土燕窝
- Lì Zhī Ké 荔枝壳
- Jì Yú Dǎn Cǎo 鲫鱼胆草
- Huánɡ ān Cài 黄鹌菜
- 龟版胶
- Chūn Huā Mù 春花木
- Shuǐ Hónɡ Mù Huā 水红木花
- Hēi Dà Dòu 黑大豆
- Dōnɡ Běi Huí Hāo 东北蛔蒿
- Bái Zhū Lì Gēn 白猪栗根
- Jiāo Yú 鲛鱼
- Sōnɡ Tǎ 松塔
- Sān Yè Yá Pá Ténɡ 三叶崖爬藤
- Zǐ Huā Jiè 紫花芥
- Niú Jīn Guǒ 牛筋果
- Huàn Yú Dǎn 鲩鱼胆
- Chòu Lǐ Zi 臭李子
- 东野菰
- Róu Máo Shuǐ Yánɡ Méi 柔毛水杨梅
- Fú Rónɡ Huā 芙蓉花
- Yě Lǜ Má Gēn 野绿麻根