明代李时珍编《本草纲目》一书，分类方法始有重大的发展。他采用了根据以前本草的分类方法略加修改，把药物分为水、火、土、石、草、谷、菜、果、木、器、虫、鳞、介、禽、兽、人等十六部外，又把各部的药物按照其生态及性质分为六十类。
按照汉字首字母分布：
共有11243项
- Kǔ Hú Lú Màn 苦壶卢蔓
- Shù Jiāo Guā 树茭瓜
- Shā Yú Chì 鲨鱼翅
- Jiānɡ Yè 姜叶
- Nán Tiān Zhú Zi 南天竹子
- Wú Jù Lóu Dòu Cài 无距耧斗菜
- Chánɡ Qián Hú 长前胡
- Tiān Xiān Ténɡ 天仙藤
- Ménɡ Zì Cǎo Hú Jiāo 蒙自草胡椒
- 大头菜子
- Hǎi Nán Shā Rén 海南砂仁
- Qí Nǐ Miáo 荠苨苗
- Huánɡ Shǔ Kuí 黄蜀葵
- Shā Yú Gǔ 鲨鱼骨
- Yě Yīnɡ Sù Ké 野罂粟壳
- Tǔ Dānɡ Guī 土当归
- Chūn Yè 椿叶
- Lǎn Rén Shù Pí 榄仁树皮
- Shuǐ Huò Xiānɡ 水藿香
- Xiǎo Guǒ Zhī Zi 小果栀子
- Yín ěr 银耳
- Xiù Qiú Fánɡ Fēnɡ Gēn 绣球防风根
- Wú Gōnɡ Qí Gēn 蜈蚣旗根
- Jīnɡ Dà Jǐ 京大戟
- Xī Guā Gēn Yè 西瓜根叶
- Yě Bā Jiāo 野芭蕉
- Shān Shěn Yè 山棯叶
- Bǐ Zǎi Cǎo 笔仔草
- Sān Chā Hǔ Gēn 三叉虎根
- Mù Jǐn 木槿
- Chòu Mò Lì Yè 臭茉莉叶
- Bái Shí Liu Gēn 白石榴根
- Dà Jiàn Yè Mù 大剑叶木
- Hè Dǐnɡ Lán 鹤顶兰
- Kǔ Zhī 苦蘵
- Biē Zhī 鳖脂
- Shān Mǎ Dòu Gēn 山马豆根
- Sài Fán Lǚ 赛繁缕
- Niú Xīn Guǒ 牛心果
- Tù Máo Hāo 兔毛蒿
- Huí Xiānɡ Chónɡ 茴香虫
- Shuǐ Xiā Zǐ Cǎo 水虾子草
- Yánɡ Máo Cǎo Gēn 羊毛草根
- Pénɡ Shā 硼砂
- Yā Zuǐ Huā 鸭嘴花
- Lòu Lú 漏芦
- Jiān 菅
- Jīn Biān Tù ěr 金边兔耳
- Dà Suō Yī Ténɡ Gēn 大蓑衣藤根
- Lù Jiǎo Lú Huì 鹿角芦荟
- Dì Shuā Zi 地刷子
- 金堂葶苈
- 九节莲
- Shān Yánɡ ěr 山羊耳
- Bèi Huā Chuānɡ 背花疮
- Lěnɡ Fàn Guǒ 冷饭果
- Kuān Wěi Shí Wéi 宽尾石韦
- Pá Ténɡ Rónɡ 爬藤榕
- Guānɡ Yè Hǎi Tónɡ Yè 光叶海桐叶
- Shuǐ Sōnɡ Pí 水松皮
- Niú Gān 牛肝
- Jī Xuè 鸡血
- Dōnɡ Běi Jǐn Cài 东北堇菜
- Dīnɡ Xiānɡ Liǎo Gēn 丁香蓼根
- Dà Yè Shù Luó Bo 大叶树萝卜
- Yòu Bàn Huā 鼬瓣花
- Dì Jǐn 地锦
- Róu Bái Yè 揉白叶
- Niú Jiǎo Xiǎn 牛角藓
- 白地牛
- Mù Hú Dié 木蝴蝶
- Huánɡ Kuí 黄葵
- Jīn Sī Mù Tōnɡ 金丝木通
- Wàn Shòu Jú Yè 万寿菊叶
- Guì Huā Zhī 桂花枝
- Hónɡ Dòu Kòu 红豆蔻
- 大皮消
- Shū Yè Dānɡ Guī 疏叶当归
- Hāo Tián Pāo 薅田藨
- Bái Zhū Mǔ Cài 白猪母菜
- Hēi è Jí Dòu 黑萼棘豆
- Mí Hóu Táo Ténɡ 猕猴桃藤
- Xiàn Gēn 苋根
- Lànɡ Dànɡ Yè 莨菪叶
- Yín Bó 银箔
- Mǔ Shǔ Fèn 牡鼠粪
- Bái Yào Zǐ 白药子
- Sì Jiǎo Shé 四脚蛇
- Nǐ Nánɡ Guǒ Qín 拟囊果芹
- 紫香薷
- 泽珍珠菜
- Fěi Cuì 翡翠
- 散血子
- Shuǐ Zhāo Yánɡ 水朝阳
- Táo ér Qī 桃儿七
- 藏报春花
- Hónɡ Gǔ Shēn 红骨参
- Xiù Lì Qì 秀丽槭
- Huánɡ Huā Dú Suàn 黄花独蒜